2012年7月，原复旦大学资产经营有限公司与复旦大学产业化与校产管理办公室职能整合、机构并入，组建成现在的上海复旦资产经营有限公司；校产党总支更名为资产经营有限公司党总支。公司主要职责是发挥复旦大学多学科综合的科技和人才优势，统筹管理、整合资源，推动学校科技成果产业化，孵化科技企业，参与区域经济协作联动，促进区域经济发展；代表学校持有对企业投资形成的股权，经营和管理学校国有经营性资产，切实履行直接出资人职责。公司下设7个部门，包括综合办公室、企业管理部、财务管理部、创业孵化部、投资管理部、发展规划部、党总支办公室。